Ecológicamente es considerado un sistema lagunar salobre/salado, el polígono del Sitio Ramsar es de794 hectáreas incluyendo una extensión de 444 hectáreas de cuatro especies de manglar: rojo (Rhizophora mangle), blanco (Laguncularia racemosa), negro (Avicennia germinans), y botoncillo (Conocarpus erectus). Es una zona de interés turístico, nacional e internacional. La Laguna de Barra de Navidad es aprovechada por la comunidad y cooperativas para el cultivo de ostión y paseos turísticos. La fauna ictiológica (peces) asociada a la laguna y sus manglares se compone por 87 especies, por ello es considera como una laguna costera de alta diversidad ictiológica, lo que beneficia al sector pesquero. Forma parte del sistema de humedales costeros que respaldan a una gran biodiversidad, sobre todo para las 60 especies (50% de las registradas en la costa Jalisco) de aves acuáticas residentes y migratorias que viven, descansan, se alimentan y/o se reproducen en su espejo de agua y sus extensiones de manglar.

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